Полыгалов Василий Афанасьевич родился 14 августа 1921 года в посёлке Губаха (ныне город Пермского края) в рабочей семье. В детстве с родителями переехал в г. Пермь. Окончил среднюю школу № 47 и пермский аэроклуб. В 1939 году В.А. Полыгалов поступил в Качинскую Краснознамённую военную авиационную школу им. А.Ф. Мясникова, однако с первого курса был отчислен по состоянию здоровья. Василий Афанасьевич вернулся в Пермь. Работал разметчиком на Мотовилихинском заводе.
Войну Василий встретил 12 июля 1941 года на Ленинградском фронте. Боевое крещение принял в боях против 41-го моторизованного корпуса вермахта на Лужском оборонительном рубеже, где продвижение немецко-фашистских войск на Ленинград было остановлено на три недели. После боёв под Лугой состоялся ускоренный выпуск оставшихся в живых курсантов. Младший лейтенант В.А. Полыгалов попал на Северо-Западный фронт. Воевал в должности командира батареи 45-миллиметровых противотанковых пушек. 2 февраля 1942 года он был тяжело ранен и эвакуирован в госпиталь.
18 апреля 1944 года из части Ленинградского фронта был образован 3-й Прибалтийский фронт, куда вошла и 18-я стрелковая дивизия. Старший лейтенант В.А. Полыгалов был переведён на должность командира 3-й стрелковой роты. До 10 июня 1944 года Василий Афанасьевич участвовал в позиционных боях вдоль немецкой линии обороны «Пантера». В середине июня 1944 года дивизия, в которой служил старший лейтенант В.А. Полыгалов, была переброшена на Карельский фронт и вошла в состав 7-й армии.
За отличие в ходе Свирско-Петрозаводской операции указом Президиума Верховного Совета СССР старшему лейтенанту Полыгалову Василию Афанасьевичу 21 июля 1944 года было присвоено звание Героя Советского Союза. В ноябре 1944 года Василий Афанасьевич был произведён в капитаны и получил направление на академические курсы при Академии Генерального штаба РККА. Однако вследствие резкого ухудшения здоровья учёбу закончить он не сумел. Василия Афанасьевича направили в Кунгур, где он принял под командование учебный батальон. Здесь Василий Афанасьевич и встретил День Победы.
Скончался 7 марта 2007 года.
Почётный гражданин города Подпорожье Ленинградской области (1969). Памятная стела в честь Героя установлена на мемориальном комплексе «Обелиск Победы» в городе Лесной Свердловской области. Памятный знак подвигу роты В.А. Полыгалова установлен на месте боя в деревне Коткозеро (Карелия, 315-й километр автодороги Санкт-Петербург — Мурманск).
